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Microbioma in una…spugna!

Recentemente un gruppo di ricercatori dell’università di Giessen, tra cui un italiano, ha pubblicato su Nature un articolo riguardo la biodiversità presente in una spugna da cucina. L’argomento sembrerà banale o non interessante, invece è di fondamentale importanza proprio perché tale oggetto è di uso comune: tutti ne hanno una ed è utilizzato, se non quotidianamente, quasi. I risultati sono infatti estremamente importanti.

Con il progredire della società umana, sono sempre maggiori le sfide e le innovazioni che si presentano. Ciò che ha reso vincente l’uomo, di per sé non adattato specificatamente a nulla, è stato lo sviluppo cerebrale. Esso ha permesso la capacità di comprendere e quindi usare tutto il materiale che lo, e ci, circonda fin dai nostri albori, qualche milione di anni fa. Abbiamo costruito monumenti, mezzi e città. Come oggi è ormai chiaro tutto ciò ha influito su equilibri pre-esistenti, esempio lampante sono i cambiamenti climatici. Tali diversità però non sono solo di carattere “apocalittico”, ma possono riguardarci in piccolo nella vita di tutti i giorni.

La ricerca

Secondo i ricercatori tedeschi, ed è effettivamente così, il bagno e la cucina di uso domestico sono ad oggi due degli ambienti più frequentati nella vita di una persona: conoscere con chi li dividiamo è fondamentale. Questi infatti rappresentano il luogo ideale per la proliferazione batterica. Infatti sono caratterizzati da numerosi e più o meno intense “ondate” di umidità che li rendono perfetti “incubatori microbici”.

Si è scelto di utilizzare delle normalissime spugne in quanto, non solo vengono in contatto con molti degli oggetti che utilizziamo per nutrirci, ma rappresentano terreni umidi a sufficienza con un continuo ricambio di microbi, proprio perché utilizzate per pulire. Nello studio si è scelto di concentrarsi sul circa 60% delle popolazioni batteriche presenti, data l’enorme numero riscontrato.

Lo scopo è dunque quello di classificare e riconoscere tali specie per capirne il livello di patogenicità ed eventuali altri effetti che potrebbero avere sulla salute dell’uomo.

Svolgimento e risultati

Per riconoscere i vari organismi si è utilizzato il sequenziamento di un gene del filamento 16S dell’RNA nella sub-unità minore dei ribosomi. Lo scopo, oltre che sistematico, era quello di inserire i risultati in un albero filogenetico per comprenderne i rapporti evolutivi con altri microorganismi.

Sono state analizzate 28 spugne provenienti da 14 cucine differenti e, partendo da circa 454 “pyrosequencing” geni, un metodo che permette una veloce individuazione di variazioni nel genoma, si sono “amplificate” le sequenze fino a circa 223,741. Dopo accurate analisi in cui si sono esclusi risultati non corretti o fuorvianti sono rimasti circa 362 batteri, ovvero circa 27 mila delle sequenze iniziali.

Di questi sono stati individuati 9 phyla, 17 classi, 35 ordini, 73 famiglie e 118 generi. Il phylum più abbondante è stato quello dei Protebacteria con un’abbondanza del 68,51%, seguiti dai Bacteroides con il 26,35% e gli Actinobacteria con il 3,69%. Tutti i phyla restanti, tra cui i noti Firmicutes, occupano una percentuale inferiore all’1%.

Per quanto riguarda le classi troviamo che i Gammaprotebacteria dominano con un’abbondanza relativa del 51.14%. Le Pseudomonadales insieme ai Flavobacteriales, phylum Bacteroides,  sono invece gli ordini più diffusi. Le famiglie più diffuse invece sono le Moraxellaceae e le Pseudomonadaceae.

Da tali analisi possono essere portati all’attenzione due generi batterici: Moraxella e Acinetobacter. Ciò che colpisce di tali due generi infatti non è la patogenicità, non infettano l’uomo, ma la loro vicinanza con batteri nocivi per l’uomo. Da analisi filogenetiche e molecolari è infatti emerso che siano organismi molto vicini a specie che la “German Federal Institute for Occupational Safety and Health”, fondamentale nel determinare categorie e classi di rischio, ha posto nel gruppo dei patogeni.

Moraxella, da Wikipedia
Acinetobacter

Conclusioni

Per terminare è molto importante capire che tale studio non ha dimostrato che potremmo essere vittime di qualche grave patologia a causa della nostra spugna da cucina, ma che gli organismi trovati sono evolutivamente vicini ad altri patogeni. Ciò significa che delle mutazioni nel DNA o in generale delle particolari condizioni potrebbero portare all’acquisizione di capacità patogene. Dunque si consiglia di cambiare una volta a settimana circa la spugna utilizzata per evitare che tali condizioni si verifichino. Tale studio ha inoltre portato su una prestigiosa rivista un altro importante problema: la necessità di capire e studiare un ambiente che diventa sempre più diversificato ed insidioso. Con ambiente si può infatti intendere anche l’insieme di strutture artificiali costruite dall’uomo. Quindi studiare queste micro-nicchie  è sicuramente importantissimo per prepararci e per comprendere ecologie sempre nuove e in espansione.

Fonte: Science Reports

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Riguardo a Massimo Aloisi

Massimo Aloisi
Studente presso l'Università degli studi di L'Aquila. Interessato di biologia,medicina e tutto ciò che riguarda l'ambiente e la sanità con il desiderio di lasciare spunti riguardo questi argomenti.

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